很久很久以前，有一群法國人帶了葉門的咖啡豆，到了印度洋上的小島上，因為島上的氣候和土質與葉門截然不同，這些咖啡樹在那過了快一百年，結果就變身，豆身變尖了，當時的人喝了發現，就算多喝，也不會失眠，原來這迥異的氣候，使得這葉門外來豆的基因後天失調，無法正常的製造咖啡因，而產生了低咖啡因的美味咖啡，但因為這變種的豆子產量太低，後來島上的居民就不再種植咖啡樹，而改種甘蔗去了，於是這變種低因的美味咖啡豆就消失了。
後來又過了幾十年，日本UCC的咖啡專家川島先生，聽一些老咖啡農說，低因咖啡豆還存在在這世上，於是不甘於美味咖啡就此消失的川島先生，1999年到了這個小島上，在甘蔗園中尋找咖啡樹，可是當地的島民不斷的潑他冷水，說都過了幾十年，從沒聽說島上有咖啡樹，還拿一些罐裝咖啡想要打發川島先生，但川島先生不死心，留下了聯絡方式並請當地的農民幫忙留意一下，過了兩年，川島先生接到了電話，說在島上發現了幾株咖啡樹，他馬上協同法國的科學家前往鑑定，確定那幾株就是古老的低因咖啡樹，於是法國的農業發展中心就與日本UCC展開了低因咖啡樹的復興計畫，而後在衣索比亞這個天然的咖啡基因寶庫，也陸續發現了其他的低因咖啡品種，低因咖啡已佔全球10%的咖啡市場。
市面上比較常見的低因咖啡，大多是經過人工將咖啡因去除，目前人工去除咖啡因的方法有三種：
一、溶劑處理法：在生豆中加入化學藥劑，然後等藥劑與咖啡因中和之後，再用蒸氣將藥劑與咖啡因帶走，這在星巴克的網頁上寫的是「直接接觸法」，內容說明的也不是挺詳細，而且放了一張一隻手捧著一把豆子的照片，我一開始會以為只要捧著咖啡豆，就可以去除咖啡因了，也許加入溶劑感覺滿嚇人的，所以才沒有多說明，事實上…也真的滿嚇人的。
二、瑞士水處理法：這也是星巴克去除咖啡因的方法之一，此法會先將第一批豆子倒入熱水中，讓咖啡味和咖啡因釋出，再將這一批豆子丟掉，然後把熱水利用活性碳把咖啡因過濾，留下有咖啡味的水，再將新一批的豆子丟進去，再釋出咖啡味和咖啡因，但因為熱水已經有咖啡味，所以在浸泡過程中，可以引回豆子流失的咖啡味，但不可否認還是會流失一部份的咖啡味。
三、二氧化碳處理法：將咖啡豆放入液態的二氧化碳中，再利用高壓把咖啡因擠出成氣體，並用活性碳再過濾去除咖啡因。
有些人對咖啡因有誤解，覺得應該要儘量少攝取咖啡因才是健康，但又對咖啡的美味垂涎不止，所以到咖啡店時都會點一杯低咖啡因的咖啡來喝，但如果喝到的是人工去除咖啡因的豆子時，您真的覺得這是一杯健康的咖啡嗎? 不如下次問問店家，用的是不是天然的低因咖啡豆，如果不是，以健康為取向的您，還是來一杯正常咖啡因的咖啡吧!!!
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